「東ユーラシア人の中で最初に分岐したのは縄文人だった」の意味するもの

★はじめに

総合研究大学院大学遺伝学専攻の斎藤成也教授らのグループは去る2016年9月1日プレスリリースで『縄文人の核ゲノム配列をはじめて決定〜東ユーラシア人の中で最初に分岐したのは縄文人だった〜』を発表した。発表内容を列挙すると、

これまで縄文人のDNAについては、ミトコンドリアDNAの情報しか得られていませんでしたが、今回、ミトコンドリアDNAの数千倍にあたる核ゲノムのDNA配列1億1,500万塩基対を決定しました。
このゲノム情報を、現代日本列島人と比較解析したところ、縄文人はアイヌ人にもっとも近く、ついでオキナワ人、そしてヤマト人(アイヌ人とオキナワ人を除く日本列島人)に近縁であることが明らかになりました。
さらに、縄文人は、現代人の祖先がアフリカから東ユーラシア(東アジアと東南アジア)に移り住んだ頃、もっとも早く分岐した古い系統であること、そして、現代の本土日本人に伝えられた縄文人ゲノムの割合は15%程度であることが明らかになりました。

福島県北部にある三貫地貝塚(福島県相馬郡新地町駒ケ嶺字田丁場・三貫地西。約4000年~2500年前<縄文後期~晩期>)から出土した縄文時代人(縄文人)の歯髄からDNAを抽出し、核ゲノムの一部を解読することに成功しました。

縄文人が現代の東アジア人と比べて遺伝的に特異な集団であったことが明らかとなりました。今後、縄文人ゲノムデータを充実させ、それらを比較解析することによって、縄文人のたどった進化史が明らかになり、日本列島人の起源と成立を知ることにつながると期待されます。

三貫地貝塚の縄文人4名の歯からDNAを抽出し、その微量なDNAからミトコンドリアDNAの系統(ハプロタイプ)を推定しました。その結果、N9bとM7a2という、縄文人に高い頻度で見つかっている系統を、それぞれ2名ずつが持っていました。

三貫地縄文人のゲノム塩基配列を現代人のゲノムデータと主成分分析法を用いて比較したところ、大きくアフリカ人、西ユーラシア人、東ユーラシア人にわかれるなかで、三貫地縄文人は東ユーラシア人にもっとも近く位置しました。そこで、三貫地縄文人と東ユーラシア人だけで比較したところ、ヤマト人(東京周辺に居住している日本人)が三貫地縄文人と北京周辺の中国人にはさまれた位置にあり、ヤマト人はこれら2集団のあいだの混血であることが示唆されます。
つぎに三貫地縄文人のゲノム塩基配列を東ユーラシアのさまざまな人類集団の全ゲノムSNPデータと比較したところ、ここでもヤマト人は、縄文人と東アジア北方の集団との中間に位置していました。さらに、日本列島3集団および北京の中国人と比較した場合、第1主成分(全体の遺伝的多様性をもっとも大きく示す軸)では、三貫地縄文人はアイヌ人ともっと近く、そのあとはオキナワ人、ヤマト人、中国人(北京在住者)の順となります。一方第2主成分(全体の遺伝的多様性を二番目に大きく示す軸であり、第1主成分とは数学的に独立)でみると、三貫地縄文人はむしろオキナワ人やヤマト人に近くなっています。これは、アイヌ人がもっとも縄文人のゲノムを多く持っているが、おそらく北方人類集団との混血を経ており、オキナワ人はアイヌ人より縄文人のゲノムを少なく持っており、ヤマト人はさらに少ない割合だが、縄文人のゲノムがそれなりに伝わっていると推定したわれわれの以前の研究と一致しています。

三貫地縄文人と対立遺伝子を共有している割合を、いろいろな集団で比較しました。第1主成分の結果と同様に、アイヌ人、オキナワ人、ヤマト人、中国人(北京在住)の順で三貫地縄文人との遺伝子の共有度が低くなっています。三貫地縄文人ともっとも遺伝子の共有度が高いのは日本人(ヤマト人)であり、他の東ユーラシア人は、北方でも南方でも同じ程度の共有度をしめしています。興味深いことに、南米先住民も他の東ユーラシア人とほぼ同程度となっていますが、オセアニア人は、もっと低い値です。

三貫地縄文人が現代人の進化的多様性の中でどこに位置するのかを推定するために、系統樹を作成しました。ここでは、東ユーラシアの現代人5集団、西ユーラシアの現代人5集団、パプアニューギニア人、南米先住民、アフリカの現代人2集団のほかに、シベリアの古代人2個体とデニソワ人も加えました。その結果、東ユーラシアの現代人5集団がひとつのグループにまとまり、それらの共通祖先集団と南米の先住民がまとまったあとに、三貫地縄文人、パプアニューギニア人、シベリアの古代人1がこの順でグループに加わっていました。これらの関係は、いずれも統計的に高い信頼性(ブーツストラップ確率)が与えられており、三貫地縄文人の祖先集団が、新大陸に人類が渡っていったとされる15000年ほど前よりも以前に分岐した、きわめて古い系統であることを物語っています。また、縄文人の系統からヤマト人(JPT)への混血があったことも推定されました。

混血の結果もある程度反映される系統ネットワークでも、線Xによって三貫地縄文人とヤマト人(JPT)が多(他か)集団と分けられることから、両者のあいだに遺伝的な共通性があること、また線Yによって東ユーラシアの現代人5集団と南米先住民に遺伝的共通性があることが示されています。
三貫地縄文人と他集団との混血については、別の方法でもっとくわしく解析し、現代日本人だけが混血したという結果を得ました。

以上がプレスリリースの主なる骨子である。

★上記内容の検討

1.三貫地縄文人のゲノム情報を、現代日本列島人と比較解析したところ、縄文人はアイヌ人にもっとも近く、ついでオキナワ人、そしてヤマト人(アイヌ人とオキナワ人を除く日本列島人)に近縁である。

遺伝子的にどの程度近縁(例えば、アイヌ人70%とか、オキナワ人30%とか)であるのか、はっきりすればもっとよかったと思う。

2.現代の本土日本人に伝えられた縄文人ゲノムの割合は15%程度である。

日本人男性のY-DNA D1b(縄文人かと思う)の頻度が30%とか40%と言うので15%は意外と少ない気がするが、縄文人は繁殖力、遺伝力が弱かったと言うことか。このことは女性のmtDNAにも言えることで、現代日本人のmtDNA頻度におけるN9bとかM7aとかも非常に少ない。従って、Y-DNAとmtDNAを平均化すれば現代日本人の縄文遺伝子は15%くらいとなるのか。

3.縄文人が現代の東アジア人と比べて遺伝的に特異な集団であった。

縄文人がアイヌ人ともっとも近縁であるということなので、近世・現代のアイヌ人の風貌から見ても縄文人と現代の東アジア人とが遺伝的に異質だと言われてもおかしくはないが、このことは縄文人が北方系古モンゴロイドに属するものであり、新モンゴロイドである現代東アジア人とは違って当然と思う。やや大げさに言うと人種が違うくらいの差があると思う。古モンゴロイドは寒冷地適応を経ていない人々なのであるが、北方系古モンゴロイドというのにどうして寒冷地適応を経ていないのかと言えば、多数説は北方系古モンゴロイド(現在ではアイヌ人のみ)は東南アジアからやって来たと解しているようだが、縄文人は縄文時代には日本列島津々浦々にいたと思うが、その存在は東日本に偏在し、質の高い縄文遺跡を残しているのは北海道、東北、北陸、中部山岳地帯(長野県)の人々である。これらに共通するのは、冬に雪が降る、夏は冷涼(長野県の軽井沢などは避暑地で有名)、縄文遺跡が多い、などである。もし縄文人が南方からやって来たのならこれら寒冷地の生活に耐えられたものだろうか。北方系古モンゴロイドが寒冷地適応を経ていないと言うのも、寒冷地にいた期間が短く寒冷地適応を経なくてよかった。即ち、極寒のシベリアにはほんのわずかの期間しかいなかったのではないか。最初にモンゴロイドから分岐後はさっさと日本列島にやって来たと言うことである。日本列島と言えばやや持って温暖で寒冷地適応は不要、しかし、冷涼な気候に親しんだ縄文人は亜寒帯的な地域を好んだのではないか。これらの縄文遺跡では南方由来のものは何もない。

4.ミトコンドリアDNAの系統(ハプロタイプ)を推定しましが、その結果、N9bとM7a2という、縄文人に高い頻度で見つかっている系統を、それぞれ2名ずつが持っていました。

mtDNAのハプロタイプN9bやM7aは基本的には日本にその分布が限られ、日本列島以外では、沿海州や朝鮮半島にもごく僅かに見られる。沿海州や朝鮮半島と言えば、縄文人移動の痕跡か。その近隣のハプログループN9aは東アジア、東南アジア、中央アジアに広くみられるが、とくに中国南部や台湾先住民に比較的多く見出される、と言う。また、ハプログループM7bやハプログループM7cがベトナムなどの東南アジアや、中国大陸南部で多く検出される、と言う。これだけ見れば日本の縄文女性は南方系かとも思われるが、M7aに関してはスンダランドが発生という説とシベリア南部 – 極東あたりで発生したとする説、あるいは、沖縄・台湾で発生説などがある。また、ハプログループN9はN9a、N9b、Yの3つの下位系統があるが、Yはその分布がY1:オホーツク海沿岸、Y2:マレー諸島と大きくその分布域を隔てている。以上を検討するならば、男性の移動は一カ所を起点に拡散する傾向にあり、女性の移動は起点を増やして拡散するようである。従って、N9bやM7a2が日本固有とすればN9やM7が日本にやって来てそれがN9bやM7aに分かれたものか。

5.三貫地縄文人のゲノム塩基配列はアフリカ人、西ユーラシア人、東ユーラシア人のうち東ユーラシア人にもっとも近く位置しました。そこで、三貫地縄文人と東ユーラシア人だけで比較したところ、ヤマト人(東京周辺に居住している日本人)が三貫地縄文人と北京周辺の中国人にはさまれた位置にあり、ヤマト人はこれら2集団のあいだの混血であることが示唆されます。

これは縄文人が古モンゴロイドであり、現代日本人は縄文人と弥生人の混血と言うことを科学的に追認したものである。

6.第1主成分(全体の遺伝的多様性をもっとも大きく示す軸)では、三貫地縄文人はアイヌ人ともっと近く、そのあとはオキナワ人、ヤマト人、中国人(北京在住者)の順となります。一方第2主成分(全体の遺伝的多様性を二番目に大きく示す軸であり、第1主成分とは数学的に独立)でみると、三貫地縄文人はむしろオキナワ人やヤマト人に近くなっています。
これは、アイヌ人がもっとも縄文人のゲノムを多く持っているが、おそらく北方人類集団との混血を経ており、オキナワ人はアイヌ人より縄文人のゲノムを少なく持っており、ヤマト人はさらに少ない割合だが、縄文人のゲノムがそれなりに伝わっている、と言う総合研究大学院大学の以前の研究と一致するという。

三貫地縄文人は男性から受け継いだものはアイヌ人に近く、女性から受け継いだものは弥生人(大陸系)に近いと言うことか。当時すでにmtDNAのハプログループの頻度は弥生化即ち東アジア化していたようだ。

7.三貫地縄文人が現代人の進化的多様性の中でどこに位置するのかを推定するために、系統樹を作成しました。その結果、東ユーラシアの現代人5集団がひとつのグループにまとまり、それらの共通祖先集団と南米の先住民がまとまったあとに、三貫地縄文人、パプアニューギニア人、シベリアの古代人1がこの順でグループに加わっていました。三貫地縄文人の祖先集団が、新大陸に人類が渡っていったとされる15000年ほど前よりも以前に分岐した、きわめて古い系統である。また、縄文人の系統からヤマト人(JPT)への混血があったことも推定されました。

三貫地縄文人はきわめて古い系統と言っても、パプアニューギニア人、シベリアの古代人よりは新しいのか。「縄文人の系統からヤマト人(JPT)への混血があった」と言うのも、双方の遺伝子の共通割合と言おうか遺伝的共通性が高かったと言うことか。縄文人がヤマト人(弥生人)より人数が多かったと言うことなのか、はたまた、ヤマト人の主要遺伝子が縄文人から由来するものなのか。混血とは双方の優性遺伝の集合体ではないのか。

8.縄文人の日本への移動経路について

ほかのサイトで従来の日本人の渡来ルートは南ルート説であったが、北ルート説も考えられると紹介していたので論じてみる。
三貫地縄文人の遺伝子共有度については、中国南部以南の人が若干高く、それらの人より少しばかり低いのが北東アジア人と南米先住民と言うことのようだ。オセアニア人はかなり低く縄文人との比較対象にはならないと思われる。それだけ見れば、縄文人は南方系という見解に沿うような結果かとも思うが、しかし、それほどの差ではない。私見的には、日本人というのは南北アジア人のいいとこ取りをした人種にも見える。また、系統樹では現代人5集団(日本人<東京>、中国人<北京>、中国人<シンガポール>、ダイ族<中国南部>、ベトナム人)の上に南米先住民が来て、その上に三貫地縄文人、その上にパプアニューギニア人、その上にシベリア古代人となっている。これを見ると、モンゴロイドはシベリアを起源とするようにも思われる。シベリアのデニソワ人のゲノムの4~6%がメラネシア人(パプアニューギニア人も含むか)のゲノムと一致するというのも、メラネシア人は高緯度地域からメラネシア地域にやって来たのではないか。そこで、出アフリカ後の我がご先祖様の渡来ルートだが、縄文人の分岐が古いと言っても分岐順は、シベリア古代人→パプアニューギニア人→三貫地縄文人→南米先住民→現代アジア人となっており、アメリンド人種よりは古いがパプアニューギニア人よりは新しいと言うことである。出アフリカについては欧米の人は「現生人類がアフリカを出て移動したのはたった1回だったようだ。さらにアフリカを出発した人びとの人数はかなり少なかった。実際、150程度だったかもしれない」(「5万年前ーそのとき人類の壮大な旅が始まった」<ニコラス・ウェイド著、安田喜憲監修、沼尻由紀子訳、イースト・プレス刊>、P.94)や遺伝子マーカー(具体的にはY-DNAやmtDNAのハプログループのこと)につき「第一に、過去のある時点に、現代西ヨーロッパ人の大部分はある一人の共通の男性祖先を持っていたと言うこと。そして、第二に、何らかの事情によって、その他の系統はすべて淘汰されてしまった、と言うことである」(「アダムの旅ーY染色体がたどった大いなる旅路」<スペンサー・ウェルズ著、和泉裕子訳、バジリコ刊>、P.207) 欧米は一神教の国だけあって何事も最後には一神(神)、一人(人間)、一頭(馬など)、一匹(猫)などに集約されるようだ。「出アフリカ」が「1回かつ150人」というのも、アフリカ大陸を除く全世界が出アフリカ人150人の男女から成り立っていると言うことかとも思うが、事故死や病死などいろいろな災難(人口減少要因)は一切なく、順風満帆に今日までやって来たというのであろうか。150人というのはイギリスの人類学者ロビン・イアン・マクドナルド・ダンバーの「人間にとって、平均約150人(100-230人)が<それぞれと安定した関係を維持できる個体数の認知的上限>である」と言う説をなぞったものか。また、スペンサー・ウェルズ博士の「一人の共通の男性祖先」(Y染色体ハプログループCには一人の共通祖先がいる、と言う)を決めるには絶対年代測定法(Y染色体ハプログループCの遺伝的多様性、多型性を調べれば、変異を繰り返して種類がそこまで増えるには一般的にどれだけ時間がかかるものなのかを推定する)と別のマーカーで、即ち、Y染色体のハプログループマーカー+絶対年代測定法+別のマーカーで一人の始祖を決めると言うが、そんな人は何人もいるのではないかと思う。真正アダム、偽アダム1、偽アダム2などで、真正アダムと言ってもそれは見かけ上のことで唯一のものではない。始祖が唯一と言うことは現生人類の年齢は多少の違いがあっても、昨日生まれた赤ちゃんと100歳のおじいさんは同じ年齢かもしれないがそんなことって証明できるのか。私見が言おうとしたことは、Y-DNA CFがY-DNA CとY-DNA Fに分岐した時、Y-DNA CやY-DNA Fはたくさんいたのであって一人ではないと言うことである。
そこで、縄文人場合によっては旧石器時代の日本人がどのようにして日本列島にやって来たのかと言えば、レバント経由かどうかは解らないが、中央アジアあたりで南下(チベット方面)したY-DNA Dグループとアルタイ山脈の麓を通り、バイカル湖、アムール川を経て樺太から北海道へやって来たY-DNA Dのグループがいたのではないか。日本は温暖の地なので足早に日本へ到着したら寒冷地適応は必要なかったか。Y-DNA Eの分布状態を見ても、アフリカ大陸からヨーロッパの方に拡散しており、エチオピアからバブ・エル・マンデブ海峡を渡ってアラビア半島に到達したとする「南ルート」説に固執するのか解らない。近時、イギリスのケンブリッジ大学等がシナイ半島経由(北ルート)だった可能性が高いと発表した。私見では、どちらのルートもありで、出エジプトは一回限りではないと思う。なお、総合研究大学院大学のプレスリリースでは縄文人は東ユーラシア人(モンゴロイド)であり、モンゴロイドの元祖はシベリア古代人と考えておられるようなので、北ルート説でよいと思う。

★まとめ

「縄文人は、現代人の祖先がアフリカから東ユーラシア(東アジアと東南アジア)に移り住んだ頃、もっとも早く分岐した古い系統」と言われても、具体的にいつ頃でどのような分岐が行われたのかが見えてこない。少なくとも、15000年前には分岐し、日本列島に在住していたのは間違いないようだ。これは考古学的にも確認されている。それを分子遺伝学で追認したと言うことである。
三貫地縄文人のゲノム塩基配列はアフリカ人、西ユーラシア人、東ユーラシア人のうち東ユーラシア人にもっとも近く位置しました、と言うのは、強いて言えば三貫地縄文人はモンゴロイドと言うことになろうかと思う。おそらく、Y-DNAのハプログループはDと思われ、縄文人は典型的な東北地方や南西諸島に住む現代日本人と思われる。縄文人が現代の東アジア人と比べて遺伝的に特異な集団であった、と言うのも今ひとつはっきりしないが(どこがどう違うのか例示してほしかった)、教科書的に言う縄文人と弥生人の差違(一重まぶたと二重まぶた、直毛と波状毛、短頭と長頭、シノドントとスンダドントなど)を言うのであろうか。
総じて、内容的には他の専門分野から今まで言われてきたことの追認の感が強いが、今後の縄文人ゲノムデータを充実させ詳しい解析が待たれる。今回の発表はその緒に就いたばかりだ。

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